DM2システム

カード総数720枚、前作から多数の要素を追加
ゲームボーイカラー対応により画面がカラフルに。白黒ゲームボーイでも遊べるが、処理速度が若干遅くなる

デュエリストレベル、デッキキャパシティ

本作から導入、詳しくはGB版オリジナルルール参照
デッキキャパシティの初期値は400、デュエリストレベルの初期値は15
最大値はキャパシティ9999、レベル255

デッキキャパシティの上げかた

方法	上昇値
キャンペーンモードで勝つ	+3
キャンペーンモードで負ける	+2
トレードをする	+1
通信対戦で勝つ	+10
通信対戦で負ける	+5

レベル計算式

(現在のデッキキャパシティ-400)/7+15　※端数切捨て

要するにデッキキャパシティが7増えるたびにレベルが1上がる
CPU戦だけで最大レベルの255に達するためには560連勝する必要がある。
ちなみにモンスターカードのレベル計算式は、

(攻撃力/100)+(守備力/100)　※端数切捨て

攻撃力が同じモンスターなら守備力の低いものを採用したほうが若干キャパシティが浮く。
もちろん種族や召喚魔族、融合素材としての有用性などがあるため一概に言う事はできない。
なおエクゾディアパーツのみ、上記の計算式の答えに+50してレベルが計算されている。なぜそうなっているかは言うまでもないだろう。

パスワード

遊戯王OCGシリーズのカード左下に印刷された8桁の数字を入力することで、ゲーム内にそのカードが追加される
当時発売されていなかったカードにも内部的にパスワードが存在している模様
パスワードで入手できるカードは1種類につき1枚まで。一部のカードは入手不可
1回のパスワード入力につき、デッキキャパシティが50ポイント減る。600以上ないと、パスワードそのものが利用不可
各カードのパスワードに関してはサイトが多数存在するので割愛

召喚魔族

これも本作から導入された要素。詳しくはGB版オリジナルルール参照
本作に神魔族は存在しない

手札使用のルール

モンスターは1ターンに1枚まで、融合に成功した場合はもう1枚出せる
それ以外のカードは1ターンに何枚でも使用可能。ただし罠カードは最後の1枚だけ残る
ターンの初めに手札が5枚になるようにドロー。デッキがなくなると負け

罠カード

種類ごとに設定された攻撃力以下の相手モンスターの攻撃に反応し、破壊するカード
場に出せるのは1枚までで、次の自分のターンが来ると墓地に送られる

儀式カード

儀式のやり方はGB版オリジナルルール参照。儀式カードは1回使うとなくなってしまう。
儀式以外の方法で儀式モンスターを手に入れることはできない。

通信対戦

通信ケーブルを利用して通信対戦を行うことが可能。前作との対戦はできない。
本作からデッキキャパシティに制限を設ける事が可能になった。
500、800、1000、2000、9999の5段階で、選択した数値とプレイヤーのデッキキャパシティ、低いほうの数値に
デッキキャパシティ制限が掛けられる。合意した上で、相手と自分で同じ数値を選択すること。
勝ったプレイヤーは相手のカバンからカードを1枚奪い取る事ができるほか、10勝ごとにプレゼントカードが用意されている。

D-トランス

ゲームボーイカラーの赤外線送受信機能を利用してカードを手に入れることができる本作独自の機能。
2台のゲームボーイカラーに送受信をそれぞれ担当させるほか、リモコンの赤外線を受信してもカードが手に入る。
1回やる度に、ワイト、クリボー、ゾーン・イーターのどれか１枚が手に入る。