レアMC

グレートモスS

ラーバモスから順番に進化させていくと、5回目の進化でグレートモスSとなる。
レベル1のラーバモスから育て始め、各段階でレベル50まで育ててから進化させれば、BEAドラゴンを凌ぐ強さになる。

BEWドラゴン/BEAドラゴン

BEWドラゴンはクリア後に利用できる5階の隠しカプセルマシンから低確率で手に入る。
レベル40以上で進化カプセルを使うと、BEAドラゴンに進化する。
BEWに限らず、大抵のレアカプセルは5Fの隠しマシンから出てくる。

ユーギ/やみユーギ

スターチップを99枚溜め、B1Fのカプセルマシンに連続でつぎ込むと最後の１個がユーギになる。
ユーギは弱いが、レベル50まで育てるとやみユーギに進化させることができる。
リバイアサン以外で唯一全体攻撃技を習得する。

ふういんされしシリーズ

以下のカプセルマシンから低確率で出る。
みぎウデ：2F、5F、B1F
ひだりウデ：3F、3Fスペシャルマシン、B1F
アシ：4F、5F、B1F
カラダ：やみくらましのしろB1F(Ｐカプセルを全て諦める必要有り)、5F隠しマシン
4体揃えて一度に配置するとその時点で勝利となるが、必ずどれか1体が消滅してしまう。
使いどころとしては5FのBEAドラゴン戦ぐらいか。