DM4システム

カード総数900枚。扱えるカードが異なる「遊戯デッキ」「海馬デッキ」「城之内デッキ」の3バージョン同時発売
前作より引き続き「スーパーエキスパートルール」を採用、カードレベルの修正、使用カード制限によりバランス大幅変化
コンストラクション廃止。DM4のソフトにカードパーツを送ると消滅してしまう（事前に警告あり）

デッキ進化

本作ではバージョンにより使えるカードが決まっており、青い帯で表示されているカードはデッキに入れることができない。
ペガサスに5回勝つことにより、主人公が闇の力を得て使用不可能カードが一部解放される。

生贄召喚

前作同様、レベルの高いモンスターは召喚に生贄が必要。
生贄の数が前作と異なり、★5-6なら1体、★7-8なら2体、★9以上なら3体の生贄が必要。
今作では攻撃力・守備力のうち高いほうの能力値によってレベルが決まっているため、
攻撃力の高いモンスターを召喚したければ必然的に生贄召喚に頼る機会が多くなった。

3枚制限、制限カード

デッキに入れることができるカードは1種類につき3枚まで。
1枚しか入れることの出来ない「制限カード」も存在する。
本作のCPUは制限カードを遵守している。

制限カードの一覧

エクゾディアパーツ各種	光の護封剣
ラーバモス	巨大化
グレートモス	洗脳―ブレイン・コントロール
完全究極体グレートモス	心変わり
進化の繭	増殖
プチモス	強欲な壺
ブラック・ホール	三幻神各種
サンダー・ボルト	大嵐

デュエリストレベル、デッキキャパシティ

詳しくはGB版オリジナルルール参照。コスト体系が変わったためか初期値が前作と異なる
デッキキャパシティの初期値は1600、デュエリストレベルの初期値は72
最大値はキャパシティ9999、レベル255。こちらは前作と同様

デッキキャパシティの上げかた

方法	上昇値
キャンペーンモードで対戦	+5
トレードをする	+2
通信対戦で勝つ	+20
通信対戦で負ける	+10

レベル計算式

(現在のデッキキャパシティ-1600)÷3+72　※端数切捨て

デッキキャパシティ3ポイントにつき1レベル上がるのは前作と同じ

パスワード

遊戯王OCGシリーズのカード左下に印刷された8桁の数字を入力することで、ゲーム内にそのカードが追加される
当時発売されていなかったカードにも内部的にパスワードが存在している模様
パスワードで入手できるカードは1種類につき1枚まで。一部のカードは入手不可

召喚魔族

詳しくはGB版オリジナルルール参照
神魔族モンスターのほとんどは儀式モンスターで、どのバージョンもデッキに入れることはできない
三幻神はもちろん神魔族

罠カード

本作より発動するか別の罠で上書きしない限り場に残り続けるようになった。

墓地

手札から捨てるか、戦闘破壊等で場から取り除かれたモンスターの最後の1枚は墓地に置かれる。
墓地のカードはＢボタンメニューの画面で確認できる。
特定の効果を使うと、相手の墓地のカードを奪って自分の場に出すことができる。