DM7システム

カード総数900枚。カードバトルに勝つことでストーリーを進める「デュエルRPG」
GBC以来となる「スーパーエキスパートルール」を採用。レベル、コスト計算はOCG基準に
シリーズ唯一の通信モード非搭載

本作のデュエルシステムはGB版のものを踏襲しているため、GB版オリジナルルールの項目も参照のこと

生贄召喚

生贄のルールがOCGと異なり、★5-6なら1体、★7-8なら2体、★9以上なら3体の生贄が必要。

神のカード

ストーリーを進めると使えるようになる「神のカード」には、カードの効果を無効化する能力がある。
例外としてパワーアップ・ダウン系の効果と、行動制限系の効果は受け付ける。

3枚制限、制限カード

デッキに入れることができるカードは1種類につき3枚まで。
1枚しか入れることの出来ない「制限カード」、2枚しか入れられない「準制限カード」も存在する。
本作のCPUは制限カードを遵守している。

制限カードの一覧

制限カード	準制限カード
エクゾディアパーツ各種	大嵐
ブラック・ホール
サンダー・ボルト
ハーピィの羽根箒
心変わり
強欲な壺
死者蘇生

デュエリストレベル、デッキキャパシティ

デッキキャパシティ初期値は1600、デュエリストレベルの初期値は72
デュエリストレベルは999までしか上がらないが、デッキキャパシティは10000を超えても上がっていく

レベル計算式:(現在のデッキキャパシティ-1600)÷3+72　※端数切捨て

デッキキャパシティ3ポイントにつき1レベル上がる。相手によって獲得キャパシティは可変。

カードショップ

デュエルに勝つともらえる「ドミノ」を使ってカードの売買が可能。
在庫によって買値・売値が多少変化し、在庫の多いカードほど買値・売値共に安くなる。
店の在庫はデュエルを繰り返すとランダムに増えていくほか、売ったカードも店頭に並ぶ。

アンティルール

本作ではデュエル開始時にカードを1枚賭けて(アンティに出して)デュエルする。勝った場合、相手のカードを奪い取れる。
ストーリーの進行上必ず戦わなければならない相手は、貴重なカードをアンティとしてくれる場合がある。
負けた場合、当然アンティカードはなくなる。
一部のコストが低いカードをアンティにした場合、相手から奪えるカードも弱体化する。
このようなカードをアンティにしようとすると警告画面が表示される。

パスワード

遊戯王OCGシリーズのカード左下に印刷された8桁の数字を入力することで、ショップの在庫にそのカードが追加される
当時発売されていなかったカードにも内部的にパスワードが存在している模様
何回でも入力できるが、買うためのドミノが必要。一部のカードは入手できない。
パスワードマシンはカードショップの右上に設置されている。

魔法・罠ゾーン

魔法カード・罠カードも5枚まで場に出しておけるようになった。
手札から魔法カードを使うことはできず、必ず場に出してからでないと発動できない。
罠カードは発動するまで場に残り続ける。発動条件に合うものが複数ある場合、右から順に発動する。

墓地

手札から捨てるか、戦闘破壊等で場から取り除かれたモンスターの最後の1枚は墓地に置かれる。
墓地のカードはＢボタンメニューの画面で確認できる。
特定の効果を使うと、相手の墓地のカードを奪って自分の場に出すことができる。

ウィジャ盤

ウィジャ盤+死のメッセージ4種の5枚全てをデッキに投入し、魔法・罠ゾーンに5枚全て置くとその時点で勝利となる。
OCGと異なるので注意。かなり揃えやすい