| 組織名 | 製作作者 | アジト | 備考 |
| 治安維持局 | その名の通り、治安を守る組織 | ||
| ユニファイア | 劇場版の敵組織 | ||
| 邪魔大セブン | 変態黒子 | 井坂診療所の地下 | 四天王は4人以上いる 実際はkskstの隠れ蓑的な組織 |
| kskst | 変態黒子 | 井坂診療所の地下 | 数年前に壊滅するも復活 壊滅にはロイドさんなど優秀な決闘者数名が関わっている |
| ＤＷＤＣ | 流星 | 精霊界…？ | 少数精鋭的な感じ。メンバー間の結束は強いが 最終的な目的はそれぞれバラバラ |
| シューティングスター・オーガニゼーション | コーヒー | 覇王城 | ダークヒーロー系 |
| ＧＯＤ三十六傑集 | コーヒー | 打倒コンマイ | |
| チーム・変態狩り | コーヒー | 全ての変態を狩り尽くせ！！ | |
| 大ショッカー | 風都くん | どこかの世界 | 今の所精霊狩りをおこなっている 一度壊滅したものを立て直した為色々不足している |
| ロイヤルナイツ | 風都くん | なし | 唯一の正義の味方組織？ |
| 凶悪決闘者五人衆 | ブームくんの人 | 治安維持局 | ７人いる |
| トワイライト | おしるこヌードル | ？？？ | 何かしら企んでいる、少数先鋭組織 |
| 宇宙海賊 春雨 | 邪教神の人 | ヴァルハラ | 設定が活かされたことが1度もない名前だけの組織 |
| 七大魔王 | 邪教神の人 | 精霊界？ | 7名の精霊達を指す言葉 組織としての結束は弱い |
| 怪獣軍団 | 邪教神の人 | 宇宙 | エンペラ星人と暗黒四天王を中心とした怪獣の軍団。精霊ではない |
| マジカル・ドロップ | 霧雨やよい | ？？？ | 精霊をアンティ・ルールで奪う活動をしている 構成員のコードネームがアルカナ名に因む |
| 今沖田産業 | ブームくんの人 | 治安維持局の近くにある山の中 | 色々とやっているが最終的な目的は世界征服 |
| ウィザード | 下がる人 | ファー・ジ・アース | 精霊支援組織、とある闇の精霊の組織と対立しているらしい？ |
| 海馬コーポレーション | と´・＿, ・ つ | 海馬コーポレーション本社ビル | 武藤豆腐店が欲しい |
| ギンガ団 | と´・＿, ・ つ | ヴァルハラ201号室(アカギの部屋) | 精霊世界とのバランスを気にしているらしい イメージアップのためには手段を選ばない |
| ジャクマリャ | ＤＭさくら | ？？？ | 復讐者 |
| 国際紳士協会 | レトルトカワウソ | 世界中 | 紳士の紳士による紳士の為の紳士な組織 |
| ドラゴンゾンビ・E・リオマギカメリー=ゴシック | リビリビ | バトルドーム | 地球侵略を目指すカオスな軍団 |
